Prirodni silikat ZrSiO4 koji-sadrži cirkonij, poznat kao cirkon ili zumbul, široko je rasprostranjen u prirodi i može se pohvaliti raznim prekrasnim bojama u rasponu od narančaste do crvene. Od davnina se smatra dragim kamenom. Rečeno je da riječ "cirkon" potječe od arapske riječi "zarqūn", što znači cinober, ili od perzijske riječi "zargun", što znači zlato. "Hijacint" dolazi od grčke riječi za "ljiljan". Šri Lanka, otočna država u Indijskom oceanu, bogata je cirkonom. Drago kamenje koje sadrži cirkon, u obliku cirkona, poznato je od davnina.
Godine 1789. Nijemac MH Klaproth, dok je proučavao cirkon, otkrio je da spajanjem s natrijevim hidroksidom, otapanjem ohlađene tvari u klorovodičnoj kiselini, dodavanjem kalijevog karbonata u otopinu, taloženjem, filtriranjem i ispiranjem taloga, zatim kuhanjem taloga sa sumpornom kiselinom i filtriranjem silicijevih oksida, nije našao kalcij, magnezij, ili aluminijevih oksida u filtratu. Dodatkom kalijevog karbonata u otopinu pojavio se talog. Taj se talog nije otapao u alkalnim otopinama kao što je aluminijev oksid, niti je reagirao s kiselinama kao što je magnezijev oksid. Klaproth je zaključio da je ovaj talog različit od bilo kojeg prethodno poznatog oksida i da se sastoji od cirkona (njemački za cirkon). Ubrzo nakon toga, francuski kemičari de Morueau i Vauquelin potvrdili su da je analiza MH Klaprotha točna. Latinski naziv elementa je Zirconium, simbol Zr, preveden kao cirkonij na kineski.
Godine 1808. H. Davy iz Engleske pokušao je razgraditi spojeve cirkonija pomoću električne struje, ali nije uspio. Godine 1824. JJ Berzelius iz Švedske prvi je proizveo metalni cirkonij redukcijom K₂ZrF₆ s kalijem, ali nije bio dovoljno čist. Formula reakcije je: K₂ZrF₆ + 4K=Zr + 6KF. Ova reakcija također može koristiti natrij kao redukcijsko sredstvo. Tek su 1914. godine dva istraživača, Lely i Ham Bruger, iz nizozemskog proizvođača metalnih žarulja sa žarnom niti, dobili čisti metalni cirkonij stavljanjem bezvodnog cirkonijevog tetraklorida i viška metalnog natrija u šuplju kuglu i zagrijavanjem do 500 stupnjeva pomoću električne struje.
Potpuno čisti cirkonij nisu proizveli sve do 1925. nizozemski kemičari Anton Eduard van Arkel i Jan Hendrik de Boer, razgradnjom cirkonijevog tetrajodida (ZrI₄). Cirkonij se tada masovno-proizvodi zagrijavanjem cirkonijevog tetraklorida s magnezijem.
